Rekombinant DNA teknolojisinin dezavantajları genel olarak ticari ve çevresel kaygılar altında gruplandırılmıştır. Bir monokültür oluşturulması ve değiştirilen organizmaların kurumsal çıkarlarla kontrolü gibi konular yaygın ve karmaşıktır.
Genetiği değiştirilmiş organizmaların tüzel kişiler tarafından sahiplenilmesi konusunda çok fazla endişe vardır. Bu varlıklar, çoğu durumda, söz konusu organizmaların genetik bilgisine patent vererek, yaşamın yapı taşlarına sahip olma ve yasama yeterliliği hakkında sorular soruyor. Bu kontrolün kurumsal sektörde olması da etik, ekonomik teşvikler ve diğer uygulamalar hakkında birçok soru açtı.
Bir monokültür, etkili bir şekilde kopyaları veya klonlarından oluşan bir organizma popülasyonudur. Bu organizmalar aynı şekilde savunmasız bırakılır, bu da tek bir hastalığın veya haşerenin onları tamamen yok edebileceği anlamına gelir. Bu gibi durumlarda mağazaların doldurulması ve hurda üretiminin yapılmasında yardımcı olabilecek yedek mahsul mahsullerinin oluşturulması ve tutulması hayati öneme sahiptir.
Rekombinant DNA kullanımıyla ilgili diğer endişeler arasında çapraz kontaminasyon korkusu ve tescilli DNA'nın organizmalar arasında göçü bulunmaktadır. Esnek bitkiler teorik olarak kontrol edilmesi çok zor olabilecek esnek yabancı otlara yol açabilir. Doğal ortamları kirleten rekombinant organizmalar başka bir endişe kaynağıdır.
