Protistler, doğrudan enfeksiyon yoluyla veya yiyecek ve su kaynaklarına salgılanan toksinler yoluyla hastalıkları yayan tek hücreli organizmalardır. Protist enfeksiyonlar, gastrointestinal ve sinir sistemi hastalıklarının yanı sıra cilt ve akciğer koşullarına neden olur .
Amipler, çeşitli insan hastalıklarına neden olan protistlerdir. Ciddi ishale neden olan amipli dizanteri ve ölümcül ensefalit formundan sorumludurlar. Amipler ayrıca gözler ve cilt üzerinde lezyonlar oluşturarak daha fazla enfeksiyon veya körlüğe yol açabilir.
Dinoflagellatlar, bir çeşit su kirliliği olan Kırmızı Gelgit'e neden olan protistlerdir. Okyanusun oksijen suyunu tüketerek hayvan yaşamını sürdüremeyen ölü bölgeler yaratırlar. Dinoflagellatlar ayrıca balıkları öldüren bir toksin salgılarlar. Hayatta kalan balıklar, toksinlerini etlerinde biriktirerek, bunları tüketen insanlarda bulantı, kusma ve nörolojik semptomlara neden olur. İnsanlarda dinoflagellat toksisitesi, ciguatera veya kabuklu deniz hayvanlarının zehirlenmesi olarak adlandırılır.
Protistler, farklı kıtalarda ortaya çıkan iki ilgili hastalık olan Afrika uyku hastalığına ve Chagas hastalığına da neden olur. Bu protistler hem Trypanosoma cinsindendir hem de böcek ısırıkları yoluyla insanlara yayılmıştır. Afrika uyuyan hastalıkları Afrika'nın batı ve orta bölgelerine özgüdür, Chagas hastalığı ise Orta ve Güney Amerika'da görülür.
