Prokaryotlarda ve ökaryotlarda bulunan bazı yaygın özellikler, hücre plazması membranlarına, sitoplazmaya, DNA ve ribozomlara sahip olmalarıdır. Prokaryotlar, algler, mantarlar ve protozoanlar ökaryot türleri iken bakteri ve sinobakteriler gibi organizmaları içerir. Her ne kadar bu farklı organizmaların bazı benzerlikleri olsa da, çok daha fazla fark var.
Başlıca fark, prokaryotların yokken ökaryotların çekirdeğine sahip olmasıdır. Ökaryotların aksine, prokaryotik organizmaların hücre içerisinde zara bağlı organelleri yoktur. Ökaryotik hücreler prokaryotik hücrelerden çok daha büyüktür. Örneğin, prokaryotik hücrelerin büyüklüğü 2 ila 20 mikron arasında değişebilirken ökaryotik hücrelerin çapı 10 ila 100 mikron arasında değişebilir. Hücre bölünmesi açısından, prokaryotik hücreler ikili bölünme yoluyla bölünür ve ökaryotik hücreler mitoz süreci boyunca bölünür.
