Prokaryotlarda mitokondri yoktur. Prokaryot, organel adı verilen zara bağlı yapıları içermeyen bir hücredir. Bir mitokondri bir organeldir, ancak prokaryotların organelleri olmadığı için mitokondrileri yoktur.
Prokaryotlar mitokondrinin öncüleri olabilir. Fosil Musuem, Dr. Lynn Margulis'in endosimbiyotik teorisine göre, belirli bir bakterinin başka bir bakteriyi etkilediğini ve bunu simbiyotik bir organizma olarak dahil ettiğini belirtiyor. Zamanla, yuttu bakteri tamamen hayatta kalmak için ev sahibi hücreye bağımlı oldu. Düzenleme her iki türe de faydalı oldu, böylece içselleşmiş bakteriler çoğaltıldı ve sonraki nesillere aktarıldı. Bu, ökaryotik hücre ve organellerin kaynağı oldu.
