Eski Roma tanrılarından sonra gezegenleri adlandırma geleneğinin ardından, Pluto adını yeraltı dünyasının Roma tanrısından alır. Lowell Gözlemevi, İngiltere'nin Oxford kentinde 11 yaşındaki Venetia Burney'den gelen öneriyi aldıktan sonra gezegene ismini verdi. Pluto 24 Mart 1930'da resmen adını aldı.
Lowell Gözlemevi gezegene 1000'den fazla önerilen isim aldı. Burney başlangıçta, öneriyi bir astronomla birlikte geçen büyükbabasına adını önerdi. Astronom Herbert Hall Turner, ismini Flagstaff, Ariz'daki Lowell Gözlemevinde astronomlara iletti.
Pluto'nun ayları, tanrı Pluto ile ilişkilendirilen isimlerden sonra adlandırılır. Pluto'nun aylarını ilk keşfeden Charon, nehirdeki ölülerin ruhlarını yeraltı dünyasına götüren Roma yeraltı dünyasının kayıkçısının ismini almıştır. On yıllar sonra keşfedilen uydular Nix ve Hydra, Charon'un annesi ve yeraltı dünyasının çok baş koruyucusu olarak adlandırıldı. Daha sonra keşfedilmiş aylar, Yunan mitolojisinden üç başlı bir köpek olan Kerberos ve Charon'un yeraltı dünyasına ruhları getirdiği nehrin adı olan Styx adını almıştır.
Pluto gezegenin genel kabul görmüş ismi olsa da, bazı diller farklı geleneklerden yeraltı figürlerinin ismini kullanır. Bazı Doğu Asya dilleri Meiosei gezegenini çağırır. Hintçe'de gezegen Yama, Maori'de gezegen Whiro olarak adlandırılır.
