Penguenler, yiyecek arzını azaltan büyük ölçekli balıkçılık operasyonları, yumurtalarını çalan ve yetişkinleri petrol için öldüren avcılar ve çevrelerini kirleten ve aynı anda binlerce pengueni öldüren petrol sızıntıları nedeniyle tehlike altındadır. Penguen popülasyonları, deniz buzu eridikçe, beslenme alanlarını ve üreme alanlarını silerken iklim değişikliği de tehdit altındadır.
İklim değişikliği penguenin hayatta kalması için en büyük tehdit ve karşı konması en zor olanıdır; penguenler, 1973'deki Tehlike Altındaki Türler Yasası kapsamında zarar görmekten korunur ve petrol sızıntıları sırasında çevre grupları tarafından kurtarılır, ancak azalan habitatları ve azalan gıda kaynakları üremelerini veya gelişmelerini zorlaştırır. Antarktika dışındaki penguenler bile iklim değişikliği nedeniyle tehdit altında. Afrika pengueni küçük adalardaki akıntıları takip eden sardalye ve ançüezlerde ziyafet çekiyor, ancak iklim değişikliği akarsuların penguenlerin evlerinden ve bölgelerinden uzaklaşmasına neden oluyor.
Penguenler, ticari balıkçılık gezileriyle de tehdit altındadır. Bazı balıkçılar koruma çalışmalarına katılırken ve yaralı hayvanların hayata geri dönmesine yardımcı olurken, penguenler yine de yemek için insanlarla rekabet etmek zorundadır. Penguenler ayrıca doğal avcılarından tehditlerle karşı karşıya: köpekbalıkları, katil balinalar, deniz aslanları ve leopar fokları.
