Nehir kirliliği, tarımsal işlemler, endüstriyel deşarj, atık su arıtma tesisleri ve yağmur suyu akıntıları dahil olmak üzere, tarımsal işlemler, endüstriyel deşarj, atık su arıtma tesisleri ve yağmur suyu akışı dahil olmak üzere çeşitli kaynaklardan gelir. Eğer kirlilik geniş bir alandaki akışın bir sonucuysa, tek ve tanımlanabilir bir kaynaktan gelir. Nehirler birçok kaynaktan çektiğinden, birçok farklı kirletici madde içerebilir.
Nokta kaynaklı kirlilik, tek bir kaynaktan izlenebileceği için düzeltilmesi en kolay nehir kirliliği türüdür. Bir endüstriyel işlem, arıtılmamış kirleticileri yanlışlıkla bir nehre boşaltabilir veya bir atık su arıtma tesisindeki bir taşma, kanalizasyonun bir su yoluna akmasına neden olabilir. Bu dökülmeler büyük miktarda olabilir ve kısa sürede çok miktarda kirletici madde açığa çıkarabilir, ancak sorun düzeltildikten sonra nehir sonunda iyileşebilir.
Noktasal kaynaklı olmayan kirliliğin üstesinden gelmek çok daha zor. Yağmur veya sel suyu karada akarken, mevcut tüm kirleticileri alır. Karayollarından gelen yağ ve gres, tarım arazilerindeki fazla azot ve pestisitler, madencilik ve hurdaya çıkarma işlemlerinden kaynaklanan ağır metaller ve gevşek tortular, su akışında akıntıyla taşınan nehre girmelerini sağlayabilir.
