Protein parçalayan enzimler arasında tripsin, kimotripsin, pepsin, termolisin, glutamil endopeptidaz, elastaz, bromelain ve papain bulunur. İnsan vücudunda tripsin, pepsin, elastaz, termolisin, glutamil, endopeptidaz ve kimotripsin yapılır. Bromelain ananas ve papain papayalardan gelir. Bu enzimlere proteaz denir.
Vücutta yapılan enzimler genellikle uzun peptid zincirlerinin bağlarını kırar ve daha küçük zincirlere dönüştürür. Büyük peptid zincirleri, sindirimin çoğunun gerçekleştiği ince bağırsaktan emilemeyecek kadar büyüktür.
Her proteaz, peptid zincirindeki belirli bir noktada bağları keser ve her biri belirli bir pH'da en iyi şekilde çalışır. Örneğin, kimotripsin, en iyi şekilde, biraz alkalin olan pH 8'de çalışır. Pepsin en iyi derecede asidik olan pH2'de çalışır. Bunun nedeni, pepsinin, yiyeceklerin bir enzim ve hidroklorik asit banyosunda işlendiği midedeki hücreler tarafından salınmasıdır. Bununla birlikte, tripsin ve kimotripsin pankreasta üretilir ve ince bağırsaklara salgılanır.
Bromelain meyvede ve ananasın sapında bulunur. Bromelian ve papain, et yumuşatıcı ve spor yaralanmaları ve yaraları gibi tıbbi durumları tedavi etmek için takviye olarak kullanılır.