Mikroskoplar kullanımı kolaydır, dünyadaki hemen hemen tüm sağlık bakımı tesisleri için uygun olmayan ucuz araçlar olup, bunları üçüncü dünya ülkelerinde bile elde etmeleri kolaydır; bir dezavantajdır. Mikroskoplar birçok farklı koşul ve hastalığın teşhisine yardımcı olmak için kullanılabilir.
Pek çok bilim dalında kullanılmak üzere çeşitli türlerde mikroskoplar vardır. Elektron, ışık ve diseksiyon mikroskopları etraftakilerin sadece birkaçıdır ve aralarından seçim yapabilecek çok sayıda tipe sahip olmanın bir dezavantajı bir kişi veya kuruluşun ihtiyaçları için yanlış olanı kullanmasıdır. Bazı mikroskoplar diğerlerinden daha yüksek çözünürlükler sunar ve bazıları gibi stereoskopik mikroskoplar kullanıcıların diğerlerinden daha kalın nesneleri görmelerini sağlar.
Mikroskoplar, avantajların herhangi bir dezavantajdan daha ağır basacağı pek çok yeni keşif ve tedaviye kapı açtı.
