Mikroorganizmalar peynir üretimine birkaç yolla katkıda bulunur: bakteriler sütü asitlendirmeye yardımcı olurken, enzimler pıhtılaşmayı hızlandırır ve proteinler peyniri olgunlaştırmaya ve yaşlandırmaya yardımcı olur. Peynir üretimi her aşamada mikroorganizmalar kullanarak birkaç kesin adım izler. Bu organizmalar peynir yapısını, şeklini, tadını ve dokusunu verir.
Peynir yapımı esas olarak, belli bir süre boyunca devam eden suyu sütten ayırmayı içerir. İşlem, sütteki unsurları lor ve peynir altı suyu olan iki forma ayırmakla başlar. Kanatlar, süt içindeki katı parçacıkları hesaba katarken, peynir altı suyu ise sıvı kısım olarak bulunur. Bakteriler, peynir hazırlama prosesinde mikroorganizmaların rolünü başlatarak iki bileşenin ayrılmasına yardımcı olur.
İki bakteri, mezofilik bakteri ve termofilik bakteri, süt şekerlerini sütünden laktik aside dönüştürür. Aynı zamanda sütteki asit miktarını dengeler ve asitliği azaltır. Mezofilik bakteriler, Gouda, Mozzarella ve Cheddar gibi daha yumuşak peynirlerde ortaya çıkar. Bu bakteriler oda sıcaklığında yaşar, fakat yüksek sıcaklıklarda ölürler. Termofilik bakteriler, aksine, yüksek ısıya maruz kalmadan hayatta kalırlar. Bu bakteriler, Gruyere ve Romano gibi sert peynirler üretir.
Sütü ayırdıktan sonra peynirli makineler peynir mayası denilen enzimleri ekler. Maya mayası pıhtılaşmayı hızlandırır ve daha güçlü lorlar üretir. Ardından kalın ve sert peynir üreten fazla suyun giderilmesine yardımcı olur. Olgunlaşma safhasında bakteri ve mantarlar bile çalışmaya başlar, proteinleri parçalar ve birçok lezzet oluşturur.
