Artan küresel sıcaklıklar, kirlilik ve aşırı avlanma nedeniyle mercan resifleri tehlikelidir. Gezegendeki tüm mercan resiflerinin yaklaşık 1 /5'inin tahrip edildiği tahmin edilmektedir. Kalanlar potansiyel olarak 2050 yılına kadar ortadan kaybolabilir.
Küresel ısınma, mercan resifleri için böyle bir sorun, 2005 yılında Florida'daki mercan resiflerinin yüzde 50'sinin ve ABD Virgin Adaları'ndakilerin neredeyse yüzde 90'ının haftalarca yüksek su sıcaklığından muzdarip olduktan sonra öldüğü tahmin ediliyor. Yükselen sıcaklıklar suyun resif için asitli olmasını sağlayarak resifin hastalık ve hasara karşı daha duyarlı olmasına neden olur.
Kirlilik, resifin zarar görmesine ve boğulmasına neden olabilir. İnsan kirliliğinin neden olduğu çöp ve tortular resif çevresinde toplanarak, yaşamlarını sürdürebilmesi için gerekli besin maddelerini almasını engelleyebilir. Suda kullanılan misina gibi basit şeyler, mercan resiflerinde dolaşıp, mercanlarda lezyonlara ve ölüme neden olabilir.
Bu konularla mücadele etmek için Mercan Restorasyon Vakfı, zarar görmüş veya tahrip olmuş mercan resiflerini yeniden inşa etmek için çalışıyor. Vakıf, genç mercanın mevcut mercan resiflerine nakledilmeden önce en az bir yıl olgunlaşmasına izin verilen sualtı kreşlerine sahiptir.