Mantarlar, hücre dizelerini oluşturan ve birbirlerinden septa veya çapraz duvarlarla ayrılmış filamentler olarak yapılandırılır. Birlikte gruplanan bu hiphalar, miselyumları oluşturur.
Her filament arasındaki septa veya çapraz duvarlar, besinlerin mantar boyunca akmasını ve taşınmasını sağlayan gözeneklerle birleştirilir. Mantarların çoğu miselyum bir yapı oluşturan hyphae filamentlerinden oluşmasına rağmen, konenositik hyphae duvarlarla net olarak ayrılmıştır.
Bir mantar hücresi, bir çekirdek ve organellerden oluşur. Bitkiler gibi mantar hücreleri de hücre duvarlarıyla çevrilidir, ancak hücre duvarlarında fotosentezin meydana geldiği birimler olan kloroplastlar yoktur, çünkü mantarlar güneşten yemek yapmaz. Hücre duvarları dört bileşenden oluşur: kitin, glukanlar, proteinler ve melanin. Chitin, duvarda güçlü bir desen oluşturmak için birbirine yapışmış şeker ipliklerinden oluşur. Glukanlar aynı zamanda bağlı şekerden de yapılır, ancak daha esnek bir şekle sahiptirler. Melanin, hücre duvarının güçlendirilmesine ve mantarın güneşten zarar görmemesine yardımcı olur. Proteinlerin bazıları, mantarı dehidrasyondan koruyarak hücrelerin içindeki suyu tutar.