İnsan sindirim sisteminde, sindirim sisteminde mevcut olan enzimlerle maruz kaldıkları ayrışma reaksiyonlarında kompleks şeker molekülleri parçalanır. İşlem, bu kompleks şeker moleküllerinin bulunduğu ağızda başlar. aksi halde karbonhidratlar olarak bilinen, tükürükte salgılanan enzimlere maruz kalırlar.
Bu tükürük enzimleri karbonhidratın polisakkaritlerin daha kısa zincirlerine ayrışmasını başlatır. Bu polisakaritler, mideye doğru ilerlerken mide asitlerine maruz kalırlar. Mide asitleri, polisakkaritler ile daha fazla reaksiyona girmeden yiyeceklerin barındırdığı bakterileri yok eder. Yarı sindirilmiş kompleks şekerler, ince bağırsağa ulaşır ve pankreasın daha fazla şeker parçalayan enzim salgılamasını sağlar. Bunlar polisakkaritleri, kovalent olarak bağlanmış iki basit şeker molekülünden oluşan moleküller olan daha basit disakaritlere böler.
Daha sonra ince bağırsak, spesifik disakarit moleküllerini hedef alan ve onları monosakaritler adı verilen basit şekerlere bölen başka enzimler üretir. Bu monosakaritler daha sonra ince bağırsak tarafından emilir.
Sindirim sistemi etkili olsa da mükemmel değildir ve bazı kompleks şekerler ince bağırsakta parçalanıp kullanılmaz. Bu bozulmamış kompleks şekerler, kalın bağırsaktaki bakteriler tarafından kısmen parçalandığı kolona taşınır.
