Yaprak döken ormanlara yönelik tehditler arasında asit yağmuru, ağaçların berrak kesilmesi ve yerli olmayan türlerin tanıtılması yer alır. Bu tehditler ılıman yaprak döken ormanlarda yaşayan organizmaların atmosferini ve yaşamını birkaç şekilde tehlikeye sokar. Her ne kadar farklı kaynaklardan kaynaklansa da, yaprak döken ormanlar üzerindeki olumsuz etkiler zamanla sağlıklarını ve hatta ormanların büyüklüğünü azaltarak, manzaralarını değiştirip hassas ekosistem dengelerini dengelemeye katkıda bulunur.
İnsan kaynaklı bir tehdit olan asit yağmuru, yaprak döken ormanlara çeşitli şekillerde zarar verir. Bu kirlilik, taşıt emisyonlarından ve fosil yakıtları yaktıkları elektrik santrallerinden kaynaklanan kirlilikten kaynaklanmaktadır. Toksik partiküller atmosferde birikir, sonra asit yağmuru şeklinde toprağa geri salınır. Bu kimyasal yağmur öncelikle ağaçları ve yapraklarını etkiler. Ağaç yapraklarının büyümesini engeller, böylelikle meyvelerin ve tohumların üretilmesinde daha küçük ve daha az verimli olmalarını sağlar. Buna karşılık, ağaçlar daha düşük üreme kapasitesine sahip. Ayrıca, hastalıklara ve böcek ve don kaynaklı hasarlara karşı daha savunmasız hale gelirler.
Yerel olmayan türlerin tanıtılması, ılıman yaprak döken ormanları da tehdit eder. Bu türler orman habitatlarında gelişir ve doğal ekosistem zincirlerini dengeler. Yerli bitkileri ve hayvanları gıda, kaynak ve toprak için rekabet eder, bazen de yerli toplulukları tamamen öldürürler. Son olarak, ılıman ormanlar net bir şekilde kesilir veya geniş ağaç örtüsü alanlarının kaldırılmasıyla zarar görür. İnsanlar tarım arazileri oluşturmak veya keresteleri hasat etmek için geniş alanları temizleyerek ormanları parçalı ve bozulmuştur.
