Hidrojen gazı su içinde az miktarda çözünür. 25 Santigrat derece ve bir atmosferdeki kısmi basınçta, hidrojen gazı saf suda 0.00001411 mol çözünürlüğüne sahiptir. Bir litre su, bir atmosferin kısmi basıncında yaklaşık 0.00078 mol hidrojen çözer.
Hidrojen gazı polar olmayan bir molekül olduğu için, su molekülleri ile kolayca hidrojen bağları oluşturmaz ve suda çözünmez. Hidrojenin sudaki çözünürlüğü, her ikisi de polar olmayan azot veya oksijen gazının çözünürlüğü ile karşılaştırılabilir. Karbondioksit gibi kutup gazları, hidrojeninkinden 100 kat daha fazla çözünürlük değerleri sergiler.
