Proteinler, pankreas ve safra kesesinin salgıları yardımıyla midede sindirilir. Midede tam olarak sindirilmeyen proteinler ince bağırsakta sindirilir.
Proteinlerin sindirimi karbonhidratlardan daha zordur, bu nedenle birden fazla sindirim organı içerir. Pepsin enzimi midede protein sindirimi için esastır ve protein pepsinojen hidroklorik asit ile temas ettiğinde oluşur. Pepsin, vücutta kullanım için yutulmuş proteinleri amino asitlere ayırır. Pankreas, mide ile birlikte, duodenumdaki yutulmuş proteinleri daha da parçalamak için tripsin ve karboksipeptidaz enzimlerini kullanır. Kalan proteinler daha sonra ince bağırsakta tamamen sindirilir.
