Prokaryotik hücrelerin çekirdeği yoktur. Bakteriler ve etki alanı üyeleri Archaea prokaryotlardır; bitkiler, hayvanlar, protistler ve mantarlar ökaryottur. Prokaryotik hücreler, ökaryotik hücrelerde bulunan zara bağlı organellerden yoksundur.
Prokaryotik hücreler ökaryotik hücrelere göre çok daha küçük ve daha basittir.
Ancak, iki hücre türünün bazı benzerlikleri vardır. Prokaryotik hücreler ve ökaryotik hücrelerin her ikisi de sitoplazma içerir ve protein üretimi için ribozomlara sahiptir. Her iki hücre tipi de DNA içerir, ancak ökaryotik hücrelerde bulunan DNA doğrusal iken prokaryotik hücrelerde bulunan DNA daireseldir.
Bakteriler, prokaryotik bir hücrenin yaygın bir örneğidir.