Enzimleri denatüre edebilen üç şey sıcaklık, pH seviyesi ve tuz konsantrasyonlarıdır. Enzimler proteindir; Tüm proteinlerde olduğu gibi, enzimler sadece belirli ortamlarda çalışırlar. Bu optimum ortamlar belirli sıcaklık aralıklarını, spesifik pH seviyelerini ve belirli tuz konsantrasyonlarını içerir.
Bir enzim optimum ortamında değilse, iyi bir şekilde veya hatta hiç çalışmayabilir. Enzimler, en uygun olmayan ortamlarda denatüre olur veya şekil değiştirir. Denatüre enzimler doğal üç boyutlu katlanmış şekillerini kaybederler.
Birçok enzim yüksek sıcaklıklarda iyi çalışmaz. Sıcaklıktaki bir artış genellikle enzim işlevini desteklemektedir, ancak 40 derecenin üzerindeki sıcaklıklarda, birçok hayvan enzimi artık işlev görmemektedir. PH seviyesindeki bir değişim, enzimin parçalarını birbirine bağlayan zayıf bir bağ türü olan hidrojen bağlarını etkiler; bu, enzimin şeklini değiştirir. Tuzluluktaki değişiklikler, tüm proteinlerin yapı taşları olan amino asitlerdeki R-grubu bağını etkiler. Aynı zamanda amino asit yan zincirleri olarak da adlandırılan bu R grupları, bir proteinin üç boyutlu şeklini üretmek için birbirleriyle etkileşime girerler.