Etanol, DNA'yı çözelti içinde çökelmeye zorlamak için DNA ekstraksiyonunda kullanılır. DNA örneği toplamak için hücreler çalkalama yoluyla parçalanır, sonra su, tuz ve etanol ile karıştırılır. sulu bir çözelti oluşturun. Etanol ve tuz, DNA'nın su içinde çözülmesini engellemek yerine çökelmesine neden olur, böylece bir santrifüj kullanılarak ayrılabilir ve çıkarılabilir.
Etanol veya izopropanol benzeri başka bir alkol eklenmeden, DNA suda çözülür. Bunun nedeni, nükleik asitlerin (DNA gibi) hidrofilik olmalarıdır, yani H20 molekülleri ile kolayca bağlanırlar. DNA'yı çökelmeye zorlamak için etanol ile birlikte kullanılan tuz, DNA molekülleriyle etkileşime girerek onu daha az hidrofilik hale getirir. Etanol bu etkileşimin gerçekleşmesini kolaylaştırır.
DNA, şeker fosfat omurgası boyunca bulunan negatif yüklü fosfat grupları nedeniyle hidrofiliktir. Bu negatif yüklü fosfat grupları, su moleküllerinde pozitif yüklü hidrojen atomları ile etkileşime girer. Tuz bu işlemi engeller. Suda çözündüğünde, tuz ürünlerinden biri pozitif yüklü bir sodyum iyonu olan Na + 'dır. Bu pozitif yüklü sodyum iyonları, DNA'nın fosfat gruplarının negatif yükünü nötralize eder.Tek başına su, sodyum iyonları ve fosfat grupları arasındaki etkileşimin gerçekleşmesine izin vermek için yeterli değildir, çünkü su ikisi arasındaki elektrostatik çekimi engeller. Etanol, sodyum iyonlarının negatif fosfat gruplarını korumasını ve DNA'nın çözeltiden çökelmesine neden olmasını sağlayarak bu etkileşimin gerçekleşmesini sağlar.
