Plüton'un dönme ekseninde bir kez dönmesi yaklaşık 6.4 Dünya günü sürer. Plüton'un ay Karonu her 6,4 günde bir Plüton'u yörüngeye sokar. Gökbilimciler bu fenomeni gelgit kilitlemesi olarak adlandırırlar.
Astronomik veriler, Pluto'nun kendi ekseni üzerinde Venüs gezegeni gibi doğu-batı yönünde döndüğünü ortaya koymaktadır. Dünya dahil diğer gezegenler batıdan doğuya dönerler. Bu geri dönme rotasyonu, geçmişte belirli bir noktada, Pluto ile çarpıştı, dönüş yönünü tersine çevirdi ve belki de güneşin etrafındaki yüksek eğimli, eksantrik yörüngesine katkıda bulundu.
Gökbilimciler bir zamanlar Pluto'nun kaçan Uranüs ya da Neptün ayı olduğunu düşünüyorlardı. Bununla birlikte, fikir birliği son yıllarda değişmiştir ve önde gelen teori, Pluto'nun, Neptün'ün yörüngesinin ötesinde güneş sisteminin bir bölgesi olan Kuiper Kuşağı'ndaki donmuş cüce gezegenlerden biri olduğu yönündedir. Halley Kuyrukluyıldızı gibi kısa süreli kuyruklu yıldızların Kuiper Kemerinden kaynaklandığına inanılıyor.
