Kirpikler ve flagella arasındaki temel fark, nasıl örgütlendikleridir. Kirpikler ve flagella, hücrelerin taşınmasına yardımcı olan esnek uzantılardır.
Kirpikler ve flagella yapısal olarak benzer hücre organelleri veya hücre hareketine yardımcı olan uzantılardır. Hücreler tipik olarak bir veya iki uzun flagella ve daha kısa kirpikler içerir. Kirpikleri çırpma hareketi, işaret gibi hareketten farklıdır, bu işaret, dalga benzeri hareketlerle hareket eder ve kirpikler daha karmaşık bir şekilde hareket eder.
Tek bir flagellum bir hücreyi kırbaç benzeri bir şekilde hareket ettirebilir veya iki flagella birlikte hareket edebilir. Bununla birlikte, kirpikler hücrenin vücudunun çoğunu kaplar ve koordineli bir şekilde vurur.