Böcekler, diğer hayvanların çoğunun yaptığı gibi, anüs yoluyla atık atıklar yapar. Böcekler, sindirim sistemi denilen tam bir sindirim sistemine sahiptir; Bu, deniz yıldızı, anemonlar ve denizanası gibi iki yönlü sindirim sistemlerine sahip hayvanlarla tezat oluşturuyor. Komple sindirim sistemleri, yapıların uzmanlaşmasını sağlayarak bilim insanlarının kendilerini iki yönlü sistemlerden daha gelişmiş olarak görmelerini sağlar.
Böcekler, yedikleri yemeğin türüne göre yapılarına göre değişen ağızları yoluyla yemek yerler. Yiyecek daha sonra tükürük bezlerinin öğeyi yağlamaya yardımcı olduğu foregut'tan geçer. Daha sonra midguttan ve sonra da hindguttan kaudal geçerken sindirilir. Rektum anüs adı verilen bir yapı ile karın sırtından çıkar.
Böcekler suyla etkilidir. Sindirilen gıdalar rektuma geçtiğinde, su kaybının önlenmesi için suyun yüzde 90'ına kadar su emilir. İdrar üretmek yerine, böcekler azotlu atıkları böcek vücudundan çıkarmak için Malpighian tübülleri adı verilen bir yapı sistemi kullanır. Malpighian boruları, atık ürünleri midgut ve hindgut kavşağında, beslenme kanalına bırakır. Atık ürünler daha sonra dışkı ile birlikte elimine edilir.
