Bitki pigmentlerini bitkiden pigmentleri ayıklayarak ve ardından fiziksel özelliklerine göre sıralayarak bitki pigmentlerini incelemek için kullanılır, böylece analiz edilebilirler. Kromatografi, farklı bitki pigmentlerini ayırmada yararlıdır, çünkü bunlar birbirlerine çok benzer ve başka türlü ayırt etmek veya fiziksel olarak ayrı tutmak zor olabilir.
Kromatografi, tek bir madde veya nesnenin ayrı ayrı öğelerinin ayrı ayrı incelenmek üzere birbirlerinden ayrıldığı bir yöntemdir. Bu görev genellikle, bitki hücrelerinde pigment gibi belirli bir hücrenin parçalarının kimyasal olarak ayırt edilmesinin zor olabileceği gerçeğiyle karmaşıklaşır. Gaz olmayan bir maddenin elemanlarını ayırmak için, bilim insanları genellikle maddeyi bir karışımlar karışımından geçirirler. Günümüzde birçok biyo-kimyasal laboratuvar, özellikle bu amaç için kromatograf adı verilen bir makineye sahiptir.Bir bitki hücresi bir çözeltiden geçirildiğinde, farklı pigmentler çözeltinin farklı kısımlarına bağlanacaktır. Bilim adamları, kullanılan çözeltileri kontrol ederek, pigmentleri bir seferde birbirlerinden ayırarak farklı renk halkaları oluşturabilirler. Bu halkaların her biri bitki hücresindeki farklı bir pigment tipini temsil eder ve her birinin kendi fiziksel karakteristikleri vardır. Kimyasal olarak benzer olsalar da, bu pigmentleri ayırır ve biyokimyacıların onları incelemesine izin verir.
