Bir molekül, birbirine bağlanmış iki veya daha fazla atom grubudur, bir bileşik, atomların en az iki eleman türünden olduğu yerde birbirine bağlanmış iki veya daha fazla atom grubudur. ayrıca moleküllerdir, ancak tüm moleküller bileşik değildir.
Örneğin, H20 formülü hem bir molekül hem de bir bileşiktir, ancak H2 yalnızca hidrojen atomları içerdiğinden yalnızca bir moleküldür. İnorganik kimyada, molekül terimi genellikle nötr yüke sahip bileşiklerle sınırlandırılırken, iyon terimi, pozitif veya negatif yüke sahip olan bağlı atomları belirtir.
