Bakteriler, önemli bir kısıtlama enzimi kaynağıdır. Bakteri hücreleri, belirli bölgelerde yabancı DNA'yı kesmek için, DNA'nın bakterileri enfekte etmesini engelleyen kısıtlama enzimleri kullanır.
Kısıtlama enzimleri, DNA'yı sadece belirli bir noktada kesebilen proteinlerdir. Enzim, nükleotid dizilerini tanır ve iki nükleotit arasında bağları ayıran bir su molekülü ekleyerek diziyi ayırır. DNA, tekrarlayan dizilere sahiptir, yani kısıtlama enzimi, DNA'yı "kısıtlama parçaları" adı verilen binlerce hatta milyonlarca parçaya böler anlamına gelir.
Bakteriler, bakteriyofajlara karşı savaşmak için kısıtlama enzimleri üretir. Bakteriyofajlar bakteri hücrelerine DNA enjekte ederek bakterileri enfekte etmeye çalışırlar, bu yüzden bakterilerin yabancı DNA'yı parçalamak ve enfeksiyona karşı koymak için kısıtlama enzimleri üretmek için geliştiğini.
Kısıtlama enzimleri sadece spesifik nükleotid baz dizilerini hedeflediğinden, araştırmacılar enzimleri bakterilerden çıkarabilir ve DNA'yı kontrol edilebilir şekilde manipüle etmek için kullanabilir. Üç tür kısıtlama enzimi vardır ve bunlardan en yararlı olanı, DNA'yı yalnızca belirli bir parametrede kıracak ikinci türdür. Bilim adamları daha sonra hangi kısıtlama fragmanlarının gen içerdiğini belirleyebilir ve onları parçalayabilir ve genleri etkili bir şekilde klonlayacak diğer DNA zincirleriyle birleştirir. Bu noktada, bilinen 2.500'den fazla tip-2 kısıtlama enzimi vardır.
