Pek çok farklı bakteri türü vardır ve her birinin kendi bilimsel adı vardır. Organizmaların bilimsel sınıflandırma sisteminde, bakteriler Monera krallığındadır. Bu grubun üyeleri gerçek bir çekirdeğe sahip değil.
Her bir bakterinin bilimsel bir adı vardır. Oregon Üniversitesi Patoloji Bölümü'ne göre, bakterilerin çoğu üç şekilden biri olarak sınıflandırılabilir; "coccus", küresel bakterileri, "bacillus", çubuk şeklindeki bakterileri ve spirillum, spiral bakterileri belirtir.
Bazı bakteriler yalnız yaşarken, diğer gruplar gruplanır. Agregalardaki bakteriler düzenlemeye göre kategorize edilir; "diplo" iki gruba, "strepto" bir zincire ve "stafilo" bir kümeye karşılık gelir.
Bakterilerin isimlerinin diğer bölümleri etkilenen vücut bölgesinden gelmektedir. Örneğin, "pneumo", akciğerleri ifade eder, bu nedenle Streptococcus pneumoniae, zincirler halinde gruplandırılmış ve pnömoni olarak da bilinen akciğerleri etkileyen küresel bakterilere karşılık gelir.
