Bakterilerin isimlendirilmesi, Carl Linnaeus tarafından tanıtılan binom sistemine göre yapılır. Bir bakteri, ait olduğu cinsi gösteren bir cins ismine ve bir tür epitelidir. Epithets, bir cins içindeki alt birimleri tanımlar. Cins adı ve türler epiteli birlikte bakteri bilimsel adını veya tür adını oluşturur. Ad Latince veya Latince Yunanca kelimeler kullanılarak oluşturulmuştur.
"Uluslararası Bakterilerin İsimlendirme Kanunu", bakterilerin adlandırılmasında katı uluslararası kuralları içeren kitaptır. Önerilen bir tür bakteri adının kabul edilmesinden önce, kurallar türler hakkında bilimsel bir makalenin yayınlanmasını ve makalenin uluslararası bir taksonomi komitesi tarafından onaylanmasını gerektirir. Bilimsel adı her zaman italik olarak yazılmıştır. Bir bakteri cinsinin isimlendirilmesi, genellikle italik ya da büyük harfle yazılmış ilk harflerle yazılmayan önemsiz isimlerin kullanılmasıyla basitleştirilmiştir. Lactobacilli, stafilokok, mikobakteri, salmonella ve streptokok bazı önemsiz isimlerdir. Belirli bir bakteri türüne atıfta bulunmak için asla bir cinsin önemsiz adını kullanmayın. Bazen bir bakteri türünü alt türlere ayırmak zorunludur. Bir alt tür tanıtmak için bir alt tür epiteli kullanılır. Epit ssp yazarak belirtilir. veya subsp. onun önünde.
