Bağışıklık sisteminin görevi, vücudu bulaşıcı organizmalara ve diğer davetsiz misafirlere karşı korumaktır. Bu, öncelikle beyaz kan hücrelerinin hareketleriyle gerçekleşir. Fagositler, doğal olmayan hücreleri ve organizmaları tahrip eder, lenfositler enfeksiyonlardan ders alır ve vücudun tekrarlanan enfeksiyonlarla daha kolay savaşmasını sağlar. Bağışıklama, zayıflamış veya ölü bulaşıcı hücreleri hedef alan hücreleri eğiterek vücudun hastalıklara karşı savunmasını artırmak için lenfositleri kullanır.
Hastaların belirli bir virüs veya bakteriyel enfeksiyonla ilişkilendirdiği hastalık semptomlarının çoğu, aslında, saldırganın sisteminden kurtulmaya çalışan vücudun kendi bağışıklık sistemidir. Örneğin, vücut ortak rinovirüs soğuk algıladığında, daha fazla davetsiz misafirleri önlemek ve zaten vücutta bulunanları temizlemek için zarları fazla miktarda sümük üretmek için tetikler. Artan vücut ısısı istilacı mikroorganizmaların zarar görmesine yardımcı olur ve öksürük yanıtının artması akciğerleri temizlemeye yardımcı olur. İshal belirtileri bile bağışıklık tepkisidir, potansiyel kirletici maddeleri sindirim sisteminden uzaklaştırmaya çalışır.
Vücudun bağışıklık sistemi de bazı durumlarda engel olabilir. Bazı hastalıklara ve alerjilere, vücudun kendi hücrelerini veya potansiyel patojenler yerine nispeten zararsız davetsiz misafirleri hedef alan aşırı aktif bir bağışıklık sistemi neden olur. Örneğin Romatoid artrit, eklemleri hedef alan ve hasara neden olan bağışıklık sisteminin neden olduğu bir durumdur.
