En düşük sıcaklık Jüpiter'in bulutlarında görülür ve yaklaşık eksi 145 derece Santigrat veya eksi 234 derece Fahrenhayt'dır. Kalın kırmızı, kahverengi, sarı ve beyaz bulutlar Jüpiter'in yüzeyini kaplar.
Jüpiter'in atmosferindeki en soğuk bölge, yüzeyden yaklaşık 50 km veya 30 mil yükselir. Dünya'nın aksine, Jüpiter'in yüzeyi sağlam değil. Hidrojen ve helyum gibi gazlar tüm gezegeni oluşturur, gezegenin çekirdeğine kadar nüfuz eder. Çekirdekteki sıcaklıklar güneşten daha sıcak, yaklaşık 24.000 Santigrat derece veya 43.000 derece Fahrenhayt'tır. Çekirdekten gelen ısı soğuk gazları ısıtır ve Jüpiter'in bir buz topuna donmasını önler.
