Bir atom, o elementin özelliklerini hala koruyan bir elementin en küçük kısmını temsil eder ve iki veya daha fazla atom arasındaki bağ, bir molekül oluşturur. Moleküller, genellikle bir atomun en küçük kısmı olarak tanımlanır. farklı elementlerin atomlarının bağlanmasından oluşan kimyasal bileşik, ancak bir molekül, aynı tip atom arasında, örneğin bir hidrojen (H <2>) molekülü oluşturmak üzere bağlanan iki hidrojen atomu gibi bir bağdan oluşabilir. . En katı tanımlarında, bileşiklerin molekülleri farklı elementlerden iki veya daha fazla atom içerir ve ne negatif ne de pozitif bir net elektrostatik yüke sahip değildir ve Hsub> gibi sadece bir tip elementin atomlarından oluşan moleküllerdir. 2 veya O 2 , homonükleer moleküller olarak adlandırılır.
"Molekül" terimi, kimya dışında daha az kesin olarak kullanılır. Örneğin, soy gazın tek bağlanmamış atomları kinetik gaz teorisinde "moleküller" olarak adlandırılabilir. Negatif veya pozitif bir yüke sahip bileşiklerin molekülleri, kimyasal tanımlara göre iyonlar olarak adlandırılır, ancak organik kimyada veya kuantum fiziğinde "moleküller" olarak adlandırılabilirler.
Moleküller ayrı atomlarına ayrılabilir ve ayrı ayrı atomlar üç ana alt atomik parçacıklarına ayrılabilir: elektronlar, protonlar ve nötronlar. Bu seviyede, parçacıklar artık geldikleri kimyasal elementin özelliklerinden hiçbirini göstermemektedir. Bir atomun protonları ve nötronları da nükleonlar olarak adlandırılır ve atomun çekirdeğinde, bir kütlenin büyük bir kısmını içeren bir atomun parçası olarak bulunur. Sıkıca paketlenmiş çekirdek, etrafındaki yörüngede dönen elektronları eksi, atomun büyüklüğünün büyük çoğunluğunu temsil eder ve atomun büyüklüğünün 10,000 ila 50,000 katı kadar küçüktür.