Yuvalanmış bir polimeraz zincir reaksiyonu veya Yuvalanmış PCR, standart polimeraz zincir reaksiyonunun kontaminasyonu azaltmak amacıyla değiştirildiğini gösterir. .
Böyle bir bağlanma, beklenmeyen primer bağlanma yerleri çoğaltıldığında meydana gelir. Buna yanlışlık denir. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin açıkladığı gibi iç içe geçme fikri, büyük parçalar için polimeraz zincirlerinin dış kısımlarına bakmaktır. Bu fragmanlar beklenen küçük parçaları içerir ve belirsizlik yaratmadan büyütülebilir. Dış parçalar çoğaltıldıktan sonra, iç kısımlar daha az kirlenerek çoğaltılabilir.