Protonların hepsi aynı kütleye sahiptir; her bir protonun kütlesi 938.27 megaelektron volt veya 1.6726231 * 10 <27> 27 kilogramdır. Aslında, tüm protonlar, elektronlar ve tüm nötronlar gibi, bu üç subatomik tanecikten her biri aynıdır. diğer iki türden farklı. Protonlar ve nötronlar hemen hemen aynı kütleye sahiptir, protonlar nötronlardan sadece biraz daha azdır (1,6749286 * 10 <-sup> kg2), ancak elektronlar hem protonlardan hem de nötronlardan daha hafiftir, 9.1093897 * 10 sup> -31 kg.
Protonlar, nötronlar ve elektronlar, tüm atomları oluşturan atom altı parçacıklardır. Atomlar, evrendeki her şeyin yapı taşlarıdır. Protonlar ve nötronlar atomun çekirdeğini oluşturur; Protonlar ve nötronlar, bir atom ağırlığının büyük bir kısmını sağlarlar, bu nedenle bir atom kütlesinin büyük çoğunluğu çekirdektedir, ince dış elektron bulutu, nispeten az ağırlık sağlar.
Farklı bir kütle biriminde, bir proton 1.007316 atomik kütle birimi iken bir nötron 1.008701 atomik kütle birimidir. Einstein kütle ve enerjinin aynı olduğunu kanıtladığından (E = mc 2 ), bilim adamlarının proton kütlesini ölçmek için enerji birimlerini veya kütle birimlerini kullanmaları mümkündür.