Toprak, ben, solucan, kırkayak, kırkayak ve kurtçuklar da dahil olmak üzere binlerce canlı organizmaya ev sahipliği yapar. Salyangozlar, böcekler, karıncalar, mantarlar ve mantarlar da toprakta yaşar. Bu organizmaların çoğu, bitkilerin ve hayvanların kalıntılarını parçalayarak, yeni bitkilerin büyümesini desteklemek için onları besinlere dönüştüren temel bir rol oynar.
Bakteriler, protozoalar, mantarlar ve algler gibi toprakta yaşayan pek çok organizma türü. Diğer organizmalar bitkileri ve küçük omurgalıları içerir. Bazı canlı organizmalar yaşamlarının sadece bir kısmını toprakta geçirirken, diğerleri tüm yaşamını yeraltında geçiriyor.
Farklı toprak türleri, farklı organizma türleri için habitattır. Toprak dokusu içeriğini belirler. Örneğin, su ve hava, toprakta katı toprak parçacıkları arasında boşluk ya da gözenekler bulunur. Bitki kökleri ve toprak organizmaları su ve hava gerektirir. Çeyrek verimli bir çay kaşığı çay içinde yaklaşık 50 nematod, 62.000 alg, 72.000 amip, 2.9 milyon aktinomikset ve 25.2 milyon bakteri vardır.
Toprak organizmaları, organik maddenin sürekli çürümesini sağlamada hayati bir rol oynamaktadır. Solucanlar toprağa döker, gevşetir ve havaya izin verir. Kuşlar ve böcekler de dahil olmak üzere diğer organizmalar için yiyecek olarak kullanılan bitki materyallerini ve salgın kurtlarını yer. Karıncalar hacimli kolonilerde yaşar ve ayrıca toprakta yuvalanır.