Tatlı su ve deniz ekosistemleri, iki çevrenin mangrov bataklıklarında, haliçlerde ve koylarda diğer ortamlar arasında birbirine karıştığı kıyı ekosistemlerinde etkileşime giriyor. Her koşulda hayatta kalabilir ancak kıyı ekosistemleri tarafından sağlananlar.
Mangrov bataklıkları, tuzlu suyun ve tatlı suların karıştığı yerlerde meydana gelir ve daha sonra kök sistemlerin büyümesinden dolayı su yolları ve havuzlar oluşturan yükselen mangrov ağaçlarının büyümesini sağlar. Bu eşsiz bataklık benzeri ortamlar, kabuklular, balıklar ve ekosistemler arasında engel olan diğer birçok hayvan türüne ev sahipliği yapar.
Bazı hayvanlar tatlı su ve tuzlu su arasında serbestçe hareket edebilir. Bu hayvanlar arasında tuzlu su timsahı ve çeşitli balık türleri bulunur. Bu şekilde adapte edilmişler, belirli ortamlardan birini işleme koyamadıkları için organlarına zarar verme endişesi duymadan kıyı ekosistemlerine girip çıkabiliyorlar.
Kıyı ekosistemleri insan faaliyetlerine karşı çok hassastır ve sınırlı ölçekleri ve yüksek çeşitlilikteki uzmanlık çeşitliliği nedeniyle, kirlilik ve botla zarar görerek zarar görebilir. Pek çok kıyı ekosistemi, deniz taşımacılığı ve sınırlarındaki veya etrafındaki diğer insan faaliyetlerinden dolayı risk altındadır ve bu ekosistemleri dünyanın en kırılganlarından biri haline getirir.