Dengesiz bir makine rotora zarar verebilir, makinenin kendisinde feci hasara neden olabilir veya hatta odada çalışan laboratuvar personelini yaralayabilir veya öldürebilir çünkü bir santrifüjü uygun şekilde dengelemek önemlidir. Santrifüjü dengelemek Numunelerin ağırlığının tüm rotor boyunca yayılmasını içerir.
Çift sayıda örnek olduğunda, santrifüj, toplam tüp sayısını ikiye bölerek ve her iki tarafta eşit sayıda tüp oluşturmak için iki seti doğrudan birbirine zıt rotor içine yerleştirerek dengelenebilir. Örneğin, sekiz numuneden oluşan bir koleksiyon, her bir tarafa arka arkaya dört yerleştirilerek dengelenir.
Tek sayıda örnek olduğunda, eşit sayıda tüp oluşturmak için test örnekleriyle aynı hacimde ve yoğunlukta sıvı içeren bir denge tüpü kullanılabilir. Alternatif olarak, spesifik sayıda numune tüpüne ve santrifüj rotorundaki mevcut yuvaların sayısına dayanan algoritmik bir desen kullanılarak tek sayıda tüp düzenlenebilir. Örnek olarak, 12 yuvalı bir rotorda, üç örnek tüpü üçgen bir desene yerleştirilerek, her bir yuvanın arasına üç boş yarık bırakılarak denge sağlanabilir.
