Protoplast füzyonuna, mekanik yollardan neden olabilir, ancak bu, protoplastlara zarar verebilir. Protoplastların kaynaştırılması için bu yöntem, iki kaynaştırıcı maddenin kimyasal kaynaştırma maddeleri olmadan bir araya basılmasını içerir. Bazı protoplastlar, bir enzim çözeltisi içindeyken, bir çökme slaydındaki hafifçe vurma ile kolayca birleştirilebilir.
Protoplastların kaynaşmasına kimyasal olarak neden olmak için çeşitli kimyasal yöntemler mevcuttur. İzole edilmiş protoplastlar çoğunlukla negatif olarak yüklenir ve birbirlerini iterler, çünkü bu işlemler ters yüklü yüzeylere sahip protoplastlar oluşturmayı amaçlar. Kimyasal yöntemler, protoplastları süspanse etmek için bir sodyum nitrat çözeltisi kullanmayı veya bir kalsiyum iyonu çözeltisi kullanmayı içerir. Füzyonun kimyasal olarak uyarılması için yüksek pH'lı bir solüsyon da kullanılır. Bu yöntemlerin çoğu protoplastların başlangıçta bir santrifüjlenmesi, çözeltide süspansiyon, ikinci bir santrifüjleme ve ardından 30 dakika boyunca bir su banyosu içerir. Protoplastların elektrikle uyarılması, ayrıca füzyonun indüklenmesi için bir yöntemdir ve hücrelerin "inci zinciri" ile sonuçlanabilir. Düşük güçlü bir elektrik alanı protoplastların dielektroforetik direklerine ve ardından sigortalarına göre düzenlenmesine neden olur.
