Prokaryotik ve ökaryotik DNA replikasyonu arasında birçok önemli fark vardır. Bu tür bir fark, prokaryotik hücrelerde replikasyon işleminin nispi sadeliği ile karşılaştırıldığında ökaryotik hücrelerin replikasyon prosesinin karmaşıklığıdır. Başka büyük fark, çoğaltmanın gerçekleştiği hızdır.
Prokaryotik hücreler ökaryotik hücrelerden daha basit bir yapıya sahip olduklarından, prokaryotik hücreler için DNA replikasyon işlemi çok daha kolaydır. Birincisi, prokaryotik hücrelerin genetik materyalin bulunduğu çekirdeği yoktur. Replikasyon, ökaryotik hücrelerin çekirdeğinde meydana gelen replikasyonun aksine prokaryotik hücrelerin sitoplazmasında meydana gelir.
Prokaryotik hücrelerde replikasyonun kökeni bir yerle sınırlıdır, ökaryotik hücrelerde 1000'in üzerinde kaynak vardır. Prokaryotik hücrelerde, replikasyon bir anda bir nokta meydana gelirken, ökaryotik replikasyon tüm bu orijin noktalarında aynı anda meydana gelir. Bununla birlikte, prokaryotik hücrelerde sadece bir çoğaltma çatal bulunurken, ökaryotik hücrelerde birçok çoğaltma çatal bulunur. Prokaryotik hücrelerin kromozomları, ökaryotik hücrelerde kromozomların kütlesini oluşturan kromatine sahip değildir.
Son olarak, ökaryotik replikasyon yavaşken prokaryotik replikasyon hızlıdır. Prokaryotik hücrelerin çoğaldığı bu hız, bakterilerin hızlı büyümesiyle görülür.
