Mart 1991 ve Nisan 1991’de, Pinatubo yanardağının yüzeyinin 20 mil altına yükselen magma, volkanın bölümlerini tahrip eden birçok deprem ve küçük patlamaya neden oldu. Sonra, 12 Haziran 1991’de, magma gazla dolu yüzeye ulaştı ve yanardağ patladı.
1991’de patlak vermeden önce, Volkan 500 yıldır büyük ölçüde etkin değildi. 16 Temmuz 1990'da, Pinatubo'nun altındaki yer kabuğunu bozan volkandan 60 mil uzakta meydana gelen 7.8 büyüklüğünde bir deprem vardı. Bu deprem, volkanın yakınında daha küçük depremlere ve heyelanlara neden olmasına rağmen, bu olaylar volkanı önemli ölçüde karıştırmış gibi görünmedi.
Mart 1991’de yüzeye çıkmaya başlayan ilk magma, gaz içeriğinin çoğunu yolda kaybetti. Böylece, yüzeye ulaştığında, yavaşça dışarı sızdı ve volkanın yamaçlarında düştü. İlk patlamadan sonra, 15 Haziran 1991'de, daha fazla gaz içeriğine sahip olması nedeniyle daha şiddetli patlamalara neden olan daha fazla magma vardı.
Magmadaki gazlar normalde yüzeyin altında olduklarında çözülürler. Ancak, püskürmeden sorumlu olan bu gazlar, magma yükselirken alçak basınç nedeniyle yükseldi.
