pH seviyesini değiştirmek bir proteinin şeklini değiştirebilir. Bu işleme proteini "denatüre etme" denir. Bir protein denatüre olduğunda, en iyi şekilde çalışmaz veya hiç çalışmaz.
Bir protein işlevini etkileyen belirli bir yapıya sahiptir. Örneğin, enzimler gibi proteinler, yapıları değişirse artık substratlara bağlanamaz; Benzer şekilde, antikorlar, yapısı değiştirilmişse antijen adı verilen yabancı maddelere bağlanamaz.
Proteinleri oluşturan amino asitlerdeki yan zincirler arasındaki etkileşimler, eşsiz bir üç boyutlu şekle girmelerini sağlar. PH seviyesini değiştirmek, bu yan zincir etkileşimlerini değiştirerek protein şeklinin değişmesine neden olur. Brooklyn College'a göre, pH seviyesi optimum koşullara dönerse, bazı proteinler orijinal şekillerine dönebilir.
