Patojen olmayanlar genellikle Staphylococcus aureus ve candida gibi canlı bir organizmada yaşayan zararsız mikroplardır. Bazı patojen olmayan mikroplar, laktik asit bakterileri gibi insan organizması için faydalı olabilecek bakterilerdir. Patojenik olmayan bakterilerin, laktokoklar ve laktik asit bakterilerinin çoğu, süt ürünleri, et ve bazı sebzeler gibi yiyeceklerden gelir. Bunlar ayrıca gram-pozitif bakteri ve probiyotikler olarak da bilinir.
Patojenler ise enfeksiyon ve hastalıklara neden olan bakteri, mikrop, parazit ve virüslerdir. Bununla birlikte, 19. yüzyılın sonlarından beri, bazı patojen olmayan mikropların gerçekte ne kadar zararsız olduğu konusunda bir tartışma olmuştur. BMC Biyolojisine göre, aynı mikrop patojenik ve patojenik olmayan durumlarda bulunabilir. Bağışıklık sistemi yetersiz olan bir bireyde, patojenik olmayan bir mikrop, daha sonra ciddi hastalıklara neden olabilecek mikroplardaki kötü genleri aktive ederek fırsatçı bir patojen olabilir.
2014 yılı itibariyle, bilim adamları patojen olmayan bir patojen mikrop haline gelebilecek nedenleri araştırmaya devam ediyor. Patojenik mikroplar sıklıkla antibiyotiğe dirençli hale gelir. BMC'ye göre, antibiyotikler ve cerrahi bireyi daha savunmasız hale getirir ve enfeksiyonlara veya hastalığa neden olan patojenik bir mikrop gelişimini tetikleyebilir. Staphylococcus, sıklıkla hastane kaynaklı enfeksiyonlara neden olan bir patojen haline gelen bir mikroptur.
