Tanım olarak tüm patojen bakteriler insan vücudunda yaşar, çünkü hastalığa neden oldukları yöntem budur. Bir patojen, ev sahibinde hastalığa neden olan herhangi bir şeydir; konakçı olmadan hastalık mümkün değildir, çünkü hastalık konakçı içindeki zararlı bir aktivite kalıbıdır.
İnsan vücudunda büyük miktarda bakteri bulunur. Çoğu zararsız, bazıları yararlı, bazıları patojendir. Her üç grup da aynı vücut bölgelerinde yaşıyor. Örneğin, insan gastrointestinal yolu, genellikle E. coli gibi patojenik olarak düşünülen türler de dahil olmak üzere bakteriler açısından özellikle zengindir.
E. coli'nin bütün suşları gıda zehirlenmesine neden olmaz ve aslında çoğu zararsızdır. Sadece yetersiz beslenme gibi kronik bir durum nedeniyle vücut dengesiz hale geldiğinde, patojenik bakterilerin bir ayak izi kazanabileceği ve vücudun bu bölgelerinde zararsız veya faydalı bakterileri geçebileceğidir. Diğer durumlarda, patojenik bakteriler, bakteriyel menenjitte olduğu gibi, normalde bakterisiz olan vücudun bölümlerini kasıtlı olarak istila eder.
Genel olarak bakteriler son derece esnek ve çok çeşitli organizmalar grubudur. Neredeyse akla gelebilecek her ortamda yaşarlar ve dünyanın her yerindeki su sistemlerinde ve toprakta her yerde bulunurlar. Patojenik bakteriler, hastalığa neden olma ve konakçılarına zarar verme şekilleri dışında, diğer patojenik olmayan bakteri gruplarından her zaman açıkça ayrı değildir. Patojenik bakteriler virülans genleri taşır, ancak bazen patojenler ve patojen olmayanlar yakından ilişkilidir, aynı şekilde davranır ve aynı ortamlarda yaşar. Örneğin, koleraya neden olan bakteriler, bakterilerin tehlikeli bir toksin üretmesine izin veren birkaç gen taşıyarak zararsız suşlardan farklıdır.
