Pozitif yüklü atomik parçacıklar protonlar olarak adlandırılır. Bu parçacıklar, nötronlarla birlikte atomun çekirdeğinde bulunur. Protonlar ve nötronların her birinin bir atom kütlesi vardır.
Periyodik tablodaki her bir element, elementin atomundaki sayılarla ifade edilir, bu da çekirdeğindeki protonların sayısını gösterir. Çekirdekteki proton sayısı, elektron sayısını veya negatif yüklü parçacıkları dengeler, böylece nötr bir atom, elektronlarla aynı sayıda protona sahiptir. Sadece iyonların farklı sayıda proton ve elektronu vardır. Protonların pozitif yükleri, elektronların negatif yüklerini çekerek onları yörüngede tutar. Bir elementin atomik kütle sayısı, bir atomun çekirdeğindeki toplam proton ve nötron sayısıdır.