Archaea, bakteriler, Protista, mantarlar, virüsler ve mikrobiyal birleşmeler mikroorganizmalar içeren bölümlerdir. Mikroorganizmaların çoğu tek hücreli organizmalardır. Fırıncı mayası ve fisyon mayası tek hücreli mikroorganizmalardır.
Archaea, çekirdeği olmayan tek hücreli organizmalardır. Archaea, her tür yaşam alanında bulunur.
Bakteriler, aşırı ortamlarda hayatta kalabilen karmaşık, tek hücreli organizmalardır. Bakteriler vitamin yapmaktan, materyali parçalamaktan ve atmosferi korumaktan sorumludur. Bakteriler milyarlarca yıl önce Dünya'da ortaya çıktı.
Mikrop Dünyası, birçok mantar türünün mikroorganizmalar olarak sınıflandırıldığını açıklar. Mikroorganizmalar olan mantarlar organizma boyunca dağılmış çok sayıda çekirdek ile bir hücresel duvarı paylaşır.
Protista, DNA'larını bir çekirdekte içine alan ökaryotik mikroorganizmalardır. Tek hücreli algler, protozoa, balçık kalıpları ve su kalıpları Protistlerin dört alt grubudur.
Virüsler, yaşayan veya yaşayan olmayan gruplara sığmayan mikroorganizmalardır. İnert hallerinde, virüsler canlı olmayan canlılar gibi davranırlar, ancak uygun bir konakçıya maruz kaldıklarında, gerçekçi nitelikler gösterirler. Virüsler, bakterilerden 10.000 kat daha küçük olan basit mikroorganizmalardır. Virüsler az miktarda genetik madde içerir.
Mikrobiyal birleşmeler, Rhizobia, Mycorrhizae ve Zooxanthelle'yi içeren mikroorganizmalardır. Bu mikroorganizmaların her biri başka bir organizma ile karşılıklı bir ilişki paylaşmaktadır.