Bazı mantar türleri, yenildiğinde hastalık veya ölüme neden olan zararlı toksinler üretir. Mantarlar ayrıca saçkıran ve sporcu ayağı gibi cilt enfeksiyonlarından da sorumludur. Diğer mantarlar, Mantar Enfeksiyon Güvenine göre hastalık ve hayatı tehdit eden enfeksiyonlara neden olan hava sporlarına sahiptir.
Maya adı verilen tek hücreli mantarların formları patojenik olma yeteneğine sahiptir. Normalde ağızda, yemek borusunda, bağırsakta ve vajinada bulunan bir maya olan Candida albicans, fazla büyürse oral pamukçuk ve vajinal veya bağırsak mantarı enfeksiyonuna neden olur. Cryptococcus neoformans adlı bir diğer maya, kriptokokal menenjit adı verilen beyin zarının tehlikeli ve potansiyel olarak ölümcül bir enfeksiyonuna neden olmaktadır.
Çok hücreli mantar olan küfler, yiyecek ve sebzelerde çürümeye neden olur ve Health Hype tarafından belirtildiği gibi düşük, doğum kusurları ve karaciğer kanserine neden olan mikotoksin salgılar. 2012 itibariyle, mantar hastalığı ve enfeksiyonu her yıl pirinç, buğday, mısır, patates ve soya fasulyesi olmak üzere her yıl ilk beş gıda mahsulünün yaklaşık 125 tonunu imha etmektedir. Bu ürünlere verilen zarar, küresel tarıma yıllık yaklaşık 60 milyar dolara mal oluyor. Zarar görmüş mahsuller orantısız bir şekilde, bu mahsullere çok fazla dayanan gelişmekte olan ülkeleri etkilemektedir. Science Daily'nin haberine göre, yeni mantar hastalıkları, nesli tükenmekte olan amfibiler, nesli tükenmekte olan arılar, deniz kaplumbağaları, yarasalar ve mercanların varlığını tehdit ediyor.
