Mağaralar en çok erozyon süreci ile oluşur. Mağaralar ayrıca dalgalar, lav akışları veya asit üreten bakteriler tarafından da oluşturulabilir.
Mağaraların çoğu, yeraltı akıntılarına ve lavabolara sahip olan dolomit veya kireçtaşından yapılmış bir alan olan karst adı verilen şekilde oluşur. Hala atmosferdeyken karbondioksitle birleşen yağmur suyu, çatlaklardan düşer ve sızar. Daha fazla karbondioksit yardımıyla, zayıf fakat zamanla kayalarda yiyebilecek bir asit oluşturur. Milyonlarca yıl sonra, bu asit eninde sonunda bir mağara oluşturmak için bir araya gelen alanları oyuyor.
Okyanus kıyısında oluşan mağaralara deniz mağaraları denir. Bu mağaralar, kayalıklara vuran ve zamanla yumuşak kayayı aşındıran dalgalardan oluşur.
Lav tüpleri, bir lav akışı dış kenarlar boyunca ortadan daha hızlı soğuduğunda oluşan mağaralardır. Bu, lav akışının etrafında, sertleşen ve mağara oluşturan bir kabuk oluşturur.
Bazı bakteriler yağ birikintilerinden beslenir ve oksijenle karıştığında güçlü bir asit oluşturan bir gaz üretir. Bu asit kayaları aşındırır ve ziyaret edilmesi için oksijen kaynağı dahil özel ekipman gerektiren mağaralar yaratır.
