Kireçtaşı, kabukların, dışkı maddesinin, alglerin ve mercanların organik kalıntılarının birikmesinden ya da deniz tabanında biriken çözünmüş kalsiyum karbonattan kaynaklanır. Öncelikle kalsiyum karbonattan yapılır. mineral, kalsit. Kireçtaşı genellikle açık, sıcak, sığ denizel ortamlarda oluşur.
Kireçtaşı bazen tatlı suda oluşur ve buharlaşma yoluyla mağaralarda da oluşur. Su buharlaştığında, içinde çözünen herhangi bir kalsiyum karbonat yerinde depolanır. Su bir mağara tavanında buharlaşırsa, yavaş yavaş sarkıt oluşturur, ilk önce yere düşerse dikit oluşturur.