Karşılaştırmalı embriyoloji, evrim teorisini desteklemektedir, çünkü bilim adamları birçok farklı türün embriyolarının ortak bir kökene sahip olduklarını ima eden benzerlikler gösterdiğini bulmuştur. Örneğin, insanlarda embriyo bir aşamadan geçer. Balığa benzer bir solungaç yapısına sahip olduğu. İnsan embriyoları, diğer primatlara benzer bir kuyruğa da sahiptir, ancak kuyruk genellikle doğumdan önce yeniden emilir, ve bu, yetişkin formları farklı olsa da, bu çeşitli türlerin hepsinin ortak bir ataya sahip olduğunu gösterir.
Ayrıca, embriyo evrim için bir mikro kozmos görevi görür. Embriyo, nihayetinde yetişkin formuna ulaşana kadar evrimin birçok aşamasından geçer.
Pek çok organizmanın embriyosunda atalarının özelliklerinin ortaya çıkması iyi belgelenmiştir ve bir türün evrimi hakkında fikir verebilir, bir embriyonun gelişimi (ontogeny) ve onun gelişimi arasında doğrudan paralellikler çizmeye yönelik erken bir girişim Rekapitülasyon Teorisi olarak bilinen türlerin (filogeni), daha sonra bilim tarafından itibarsızlaştırıldığına inanılmaktadır.
