Bir karşılaştırma mikroskobu, farklı malzemelerin yan yana karşılaştırılmasını sağlayan özel bir mikroskoptur. 1920'lerde Calvin Goddard tarafından icat edilen bu mikroskoplar bugün FBI ve diğerleri tarafından sıklıkla kullanılmaktadır. Kıllar ve ateşli mühimmat gibi nesnelerin benzerliklerini belirlemeye yönelik kanun uygulama.
Karşılaştırma mikroskopları, esas olarak, tek bir görüntüleme merceği içeren bir köprü ile birbirine bağlanan iki ayrı mikroskoptur. İki benzer nesne karşıt evrelere yerleştirilebilir ve aynı görüntüleme alanında aynı anda izlenebilir. Bu, denetçilere iki ayrı mikroskop arasında hareket etmeden iki benzer materyali karşılaştırmalarında yardımcı olur.