Önemli bir mesele, Sünnilerin, sadece peygamberlerin en dindarlarının halifesi olması gerektiğine inanmalarıdır, ancak Şiiler, sıralamanın kan hattına dayanması gerektiğini savundu. Ebu Bekir Muhammed'i başardı, ancak Şiiler Hz. Peygamberin kuzeni Ali'nin halifelik olmasını istedi.
Ebu Bekir, Muhammed'in kayınpederiydi ve Ali, Hz. Şiiler ilk üç halifeyi kabul etmiyorlar ve Ali'nin Hz. Peygamber'den sonra en ilahi adam olduğuna inanıyorlar. Ancak Sünniler, Ali'nin, Muhammed'in haklı mirasçılarından biri olduğuna inanıyor. Şiiler ayrıca imamların İslam dünyasında lider olarak hüküm sürmesi gerektiğine de inanıyor. Sünni doktrin genellikle devletin rehberliğine girer, ancak Şiiler imamların devlet değil nihai otorite olduğunu savunurlar.
