Erkekler, sperm üretimi ve sunumu için dış genital bölgeye (penis, skrotum ve testis) sahiptir ve kadınlar yumurta üretimi ve insan embriyolarının gelişimi için iç genital bölgeye (vajina, rahim ve yumurtalıklar) sahiptir. Erkekler ve kadınlar arasındaki çoğu fizyolojik farklılık, fetal büyüme ve ergenlik gibi kritik gelişim dönemlerinde endokrin sistemlerdeki farklılıklardan kaynaklanmaktadır.
Erkek ve kadınlarda endokrin sistemlerin işlevleri yaşam boyunca diğer fizyolojik farklılıklara yol açar. Örneğin, erkekler göğsünde, karnında, yüzünde ve sırtında terminal kıllar adı verilen daha seyirli ve görünür bir saç folikülü türü üretir. Bununla birlikte, kadınlar, vücudun daha az bölgesinde vellus kılları adı verilen daha ince bir saç folikülü üretir. Endokrin sistemdeki hormon üretimi, kadınlarda ve erkeklerde kalıp kelliklerinin gelişmesinden ve farklılıklarından kısmen de sorumludur.
Erkek ve kadınlarda iskelet ve kas sistemlerinde de büyük farklılıklar vardır. Tipik olarak, erkekler kadınlardan daha yoğun, daha güçlü tendonlara, bağlara ve kemiklere sahiptir ve erkeklerde genellikle kas kütlesi daha fazladır. Bu fiziksel güç ve kalori harcaması ve depolanması metabolik süreçlerinde farklılıklara yol açar. Buna karşılık, kadınlar tipik olarak erkeklerde bulunanlardan daha az sağlam ve daha pürüzsüz bir iskelet sistemine sahiptir.
